Biro Administrasi Pimpinan Setda Provinsi Nusa Tenggara Timur dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 9 Tahun 2013 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur Nomor 8 Tahun 2008 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur.